Madrasah Tsanawiyah (MTs) Muhammadiyah Batang merupakan salah satu lembaga pendidikan Islam yang berdiri di bawah naungan organisasi Muhammadiyah, sebuah organisasi Islam terbesar di Indonesia yang didirikan oleh KH. Ahmad Dahlan pada tahun 1912. Pendirian MTs Muhammadiyah Batang adalah bagian dari upaya organisasi ini untuk memperluas jaringan pendidikan Islam di berbagai daerah, termasuk di Kabupaten Batang, Jawa Tengah. 

Seiring dengan perjalanan Organisasi Muhammadiyah Kab. Batang, yang sudah merambah ditingkat kecamatan wilayah Kab. Batang, segenap para pimpinan Muhammadiyah Kec. Batang berfikir ke depan untuk memikirkan regenerasi melalui wadah yang resmi, sebagaimana menurut kaidah organisasi, bahwa apabila Muhammdiyah ingin mendirikan sekolah sebagai tempat pengkaderan harus berdiri terlebih dahulu sebuah MADRASAH ( Sekolah ).

Maka beberapa tokoh di jajaran Pimpinan Muhammadiyah tingkat Kecamatan Batang yang terdiri dari :

1. Bp. H. Chamim Thoha (alm) selaku PDM dan anggota
2. Bp. Slamet Mashal (alm)
3. Bp. Mawardi (alm)
4. Bp. M. Kaprawi (alm)
5. Bp. Mubin Sanusi (alm)
6. Bp. Fadholi (alm)
7. Bp. Machmud Yunus (alm)
8. Bp. Moch. Rochim (alm)
9. Bp. H. Suardi PGS (alm)
10. Bp. Chumaidi (alm)
11. Bp. S. Abdul Karim (alm)

Sepakat mendirikan PGA ( Pendidikan Guru Agama ) sebagai embrio berdirinya Madrasah Tsanawiyah Muhammadiyah Batang.

Mulai tahun 1975 tepatnya tgl. 1 Januari 1975, dengan di leburnya dari PGA menjadi MTs atas SKB antara Menteri Agama, Menteri Pendidikan dan Menteri Dalam Negeri, maka PGA di lebur menjadi MADRASAH TSANAWIYAH MUHAMMADIYAH BATANG.

Tempat kegiatan belajar mulai di TK Aisyiyah Kauman ± 4 th. Kemudian pindah di Gedung Pendidikan Muhammadiyah Tampangsono Kauman dari tahun 1979 s/d 2001 yang waktu itu bersamaan dengan Madrasah Aliyah dan akhirnya sekarang sudah menetap di Jl. Yos Sudarso Gg. Progo No : 122/2 atau di Komplek Masjid Bustanul Jannah Kebonan RT. 01 RW. IV Proyonanggan Utara Kec/Kab. Batang.